净因寺现占地2700平方米，第一进院落大佛阁坐西向东，右侧为南殿，对面是山门，山门左侧钟楼、右侧为鼓楼。钟楼旁边是禅房三间。“大佛殿”又称为“大佛阁”，建于明朝末年，为两层两檐单坡式，仿歇山顶建筑，下承台基，面阔三间，总高13米。大佛阁内有土雕大佛，高9.46米，佛面高额丰满，两耳垂肩，神态安详，是西方极乐世界的教主——阿弥陀佛。大佛左边是“观世音菩萨”，右边是“大势至菩萨”。它们合称“阿弥陀三尊”，又称“西方三圣”。阿弥陀佛像，造型为跏趺坐于莲花台上，双手趺置于足上，是接引众生、普度众生的意思。“阿弥陀佛”的意义是“无限的光明”。二进院中有大雄宝殿、地藏殿以及观音殿。主殿大雄宝殿坐北朝南，右侧为地藏股，左侧为观音殿，对面是韦驮殿。

       大雄宝殿为明代建筑，内塑有明代塑像。大雄宝殿中供奉的主像为释迦牟尼佛。明代彩塑三佛是佛教依空间界域（方位）划分的——“横三世佛”，从东至西依次为：东方净琉璃世界药师佛、婆娑世界的释迦牟尼佛和西方极乐世界的阿弥陀佛。橫三世佛东西两侧有两位站殿将军，他们]他是两位护法神。在大雄宝殿正中线上稍偏后的位置，建有长方形、以象征须弥山的“须弥座”的佛像台座，上供奉本殿主尊佛像——释迦牟尼佛。释迦牟尼佛是婆娑世界的教主，婆娑世界指释迦牟尼佛教化的世界，也就是现实世界。佛的左胁侍文殊菩萨，右胁侍普贤菩萨，合称华严三圣。

       地藏殿位于大雄宝殿西侧，殿内正中供奉地藏菩萨，两侧有十王及两位城隍、四个判官。十王面部表情各殊，有的双目圆睁，神情威严，有的温和中透露着威严；手或持笏板，或握卷册，或握拳，或抚膝，手势、表情各异，具有高度的写实性。

       观音殿也称圆通段，内塑观音像和十八罗汉像。观音菩萨本称观世音菩萨，意为“光世音”“观自在”，略称“观音菩萨”，又别称“救世菩萨”“圆通大士”。